L'ARS a comme principales missions dans le secteur pharmaceutique :

• Contrôler les établissements pharmaceutiques de distribution en gros pour le compte de l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des produits de Santé (AFSSAPS), mais aussi les établissements de santé (pharmacies à usage intérieur et stérilisation), les établissements pénitentiaires et les officines de pharmacie ;

• Procéder à l'inspection des laboratoires de biologie médicale (LABM), des établissements vétérinaires, des établissements cosmétiques et des organismes de conservation des tissus du corps humain et de leurs dérivés ;

• Exercer un suivi pour les créations, les regroupements et les transferts d'officine de pharmacie, ainsi que des comités de protection des personnes (CPP) ;

• Réaliser des enquêtes relatives à l'exercice illégal de la pharmacie, ainsi que des enquêtes sur la conformité des locaux d'officines de pharmacie dans le cadre des demandes de créations, de regroupements ou de transferts ;

• Collaborer à la lutte contre le dopage, participer au suivi des médicaments de substitution et à la distribution d'iode aux populations voisines de centrales nucléaires ;

• Participer aux jurys d'examens de préparateurs et aux jurys de délivrance des diplômes de préparateurs en pharmacie hospitalière.
  
• Apporter un appui technique en matière d'organisation des plans de défense civile et sanitaire (ex. : plans pandémie grippale, Biotox, …).