Les délégués territoriaux sont rattachés dans l'organigramme auprès du directeur général de l'ARS (DGARS) et sont placés sous son autorité. Ils représentent le directeur général dans les territoires. Ils exercent, par délégation du DGARS, l'autorité hiérarchique sur les agents situés dans les délégations. Les agents sont, par ailleurs, rattachés fonctionnellement aux directions métiers. Ainsi s'opère l'articulation optimale entre métiers et territoires. Les agents des territoires sont les référents pour toute la région sur certaines thématiques et participent, avec les agents du siège, aux projets conduits par les équipes projets.
Toutes les délégations sont organisées de la même manière :