L’ARS Rhône-Alpes assiste le préfet coordonnateur de bassin (Le préfet de région Rhône-Alpes) et le Directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL) délégué de bassin à la préparation des mesures concourant à la prise en considération des objectifs fixés tant par la législation (notamment satisfaire ou concilier les exigences de l'alimentation en eau potable des populations et de la santé publique) que la prise en compte d’autres aspects comme l’impact socio-économique des inondations et des pollutions « anciennes », celui attendu du changement climatique, et la lutte anti vectorielle.

L’ARS RA représente le ministère de la santé dans les instances de bassin, où elle porte les enjeux sanitaires pour leur bonne prise en compte dans les politiques de bassin via le Schéma directeur d’aménagement et de gestion de l’eau (SDAGE) et les Schémas d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE), ainsi que dans le programme d’intervention de l’agence de l’eau.

L’ARS RA intervient dans la mise en oeuvre de dossiers supra régionaux portant par exemple sur le littoral, les fleuves, certaines commissions internationales ou transfrontalières, ou dossiers thématiques.

L’ARS RA anime et coordonne l’action de l’ensemble des ARS bassins hydrographiques Rhône-Méditerrannée et Corse (RM&C) pour définir et mettre en cohérence la politique sanitaire sur ce territoire.
Elle assure, d’une part, le regroupement, l'exploitation et la diffusion des informations résultant du contrôle des règles d'hygiène exercé dans le domaine de l'eau, et, d’autre part, la concertation nécessaire pour la mise à disposition des données sur les ressources en eau et les exercices respectifs du contrôle des règles d'hygiène et de la police des eaux.