L'organisation de l'ARS Rhône-Alpes est dite "matricielle", avec un fonctionnement en mode projets.
Le choix est porté sur une organisation claire et lisible avec une chaîne de décision la plus simple possible.
Une "direction de la stratégie et des projets" anime le réseau et la conduite des projets transversaux, impliquant l'ensemble des directions "métiers".
En outre, le Directeur général anime une équipe collégiale, le Comité exécutif, et préside le Comité de direction qui rassemble l'ensemble des directeurs, directeurs délégués ainsi que les huit délégués territoriaux départementaux.
Près de 830 collaborateurs composent l'agence régionale de santé Rhône-Alpes.
La moitié se situe au siège à Lyon et l'autre moitié dans les délégations territoriales. Ce sont des administratifs, des médecins, médecins inspecteurs, pharmaciens, pharmaciens inspecteurs, ingénieurs sanitaires...
La plupart d'entre eux sont issus de l'Etat et de l'Assurance maladie.

Christophe JACQUINET
nommé directeur général de l'ARS Rhône-Alpes le 23 novembre 2011.
Précédemment, il a été directeur d’établissements de santé privés (1993-1996), directeur général de l’Hôpital privé Saint-Martin (Calvados), établissement de référence pour ses activités de court séjour (1997-2000). Il a ensuite été Directeur régional d’un groupe d’établissements de santé privés et d’hospitalisation et services à domicile en Haute-Normandie, Basse-Normandie et Bretagne (2001-2006) puis gérant de Santéliance, activité de conseil dans le secteur de la santé (2007- 2008).
Enfin, et avant de rejoindre l’ARS Picardie, il était Directeur général de la fondation de Rothschild, fondation reconnue d’utilité publique gestionnaire de 11 établissements médico-sociaux en Ile-de-France (2009).
Marié et père de 4 enfants, Christophe Jacquinet est diplômé de Sciences politiques Paris (1992) après avoir réalisé des études de médecine (Niveau 2e cycle) à la Faculté libre de médecin de Lille en 1990. Il possède en outre un master 3e cycle de gestion des systèmes de santé, obtenu en 1993 à l’Université Paris Dauphine.
Christophe Jacquinet, 45 ans, a exercé les fonctions de préfigurateur puis de directeur général de l’ARS Picardie depuis le 1er avril 2010.
Le comité exécutif (COMEX)
Le COMEX se réunit une fois par semaine.
Il est composé de :
- Directeur général : Christophe JACQUINET
- Directeur général adjoint : Gilles de LACAUSSADE
- Directeur de l'efficience de l'offre de soins : N.
- Directeur de la stratégie et des projets : Patrick VANDENBERGH
- Directeur de la santé publique : Anne-Marie DURAND
- Directeur du handicap et du grand âge : Muriel LE JEUNE-VIDALENC
- Secrétaire général : Eric VIRARD
- Cheffe de cabinet : Kim BRUYERE
Le comité de direction (CODIR)
Le CODIR se réunit une fois par mois.
Il est composé de :




















